Ich hatte eben grade das Problem, dass das Popmenu im Seitenbaum von einer Typo3-Installation (Version 4.1.3) nicht mehr funktionierte. Ein Klick auf "weiterlesen" bringt euch zur Lösung des Problems...

Da das Menü in keinem Browser angezeigt wurde, kann es also kein Browserbug sein. Firefox hat mir in der Javascript-Konsole diese Fehler angezeigt:
Fehler: t3ajax is undefined

Und:

Fehler: XML- oder Text-Deklaration nicht am Beginn der Entität
Quelltext:
<?xml version="1.0"?>

Aus dem ersten Fehler wurde ich nicht wirklich schlau, aber aus dem Letzten lässt sich schließen, dass irgendwo in dem Ajax-Aufruf Leerzeichen erzeugt wurde, noch bevor das XML definiert wird. Da das erste Zeichen einer XML-Datei aber <?xml ... ?> sein muss, müssen irgendwo Leerzeichen erzeugt werden, die jetzt weg müssen.

Nach einer Googlesuche habe ich rausgefunden, dass bereits viele Leute vor mir dasselbe Problem hatten. Als Lösung wurde zum Beispiel angeboten die Extension "RealURL" downzugraden, oder in allen Localconf.php-Dateien nach Leerzeichen am Ende zu suchen.

Fehlanzeige.

Letzendlich war die Datei typoe3conf/ext/realurl/ext_localconf.php irgendwo bei Zeile 132 "unterbrochen". Hier hilft nur die Zeilen:

?>


<?php

einfach zu löschen, und somit den Leerraum zwischen den PHP-Tags zu entfernen.
Nicht vergessen auch den Konfigurationscache zu löschen und evt die Temporären Dateien in typo3conf zu löschen.